
Selon la situation la question d'une destruction mécanique ou chimique de l'engrais vert peut se poser. Cela dépend des espèces présentes et de leurs stades de développement.
L'objectif est de produire le plus de biomasse possible sans que les plantes montent à graines. Pour les espèces qui posent des problèmes s'il y a montée à graines, il est judicieux de les détruire lorsqu'elles arrivent à floraison.
Dans les mélanges gélifs, l'arrêt de croissance devrait se faire par le gel. Les espèces telles que le nyger, le sarrasin ou le sorghum sont sensibles au froid et meurent déjà à des températures de -1 °C. tandis que des espèces plus résistantes comme les radis, le trèfle d'Alexandrie ou la moutarde nécessite entre -7 und -13°C. Cela signifie que selon le mélange et l'em0lacement, les températures hivernales ne suffisent plus toujours pour garantir une destruction fiable par le gel. Une destruction mécanique peut devenir nécessaire.
Il est également important de noter que les plantes plus avancés dans leur développement sont plus sensibles que les jeunes plantes.

Dans le cas de mélanges non gélifs, il faut tenir compte du stade de développement. L'engrais vert devrait être détruire lors de la floraison, donc avant la formation des graines, soit déjà en automne ou au printemps. La culture suivante et la technique de mise en place déterminent à quel point la taille des résidus doivent être réduite. Dans le cas d'un semis sous litière et d'une stratégie de désherbage mécanique il est judicieux de broyer l'engrais vert.
La destruction peut être réalisé par un broyage ou avec des outils comme le rouleau Cambridge, un rouleau Faca ou une pirouette. Les plantes endommagées sont ensuite définitivement détruites par le gel. Pour protéger les abeilles et d'autres pollinisateurs, il faut broyer soit tôt le matin ou le soir.
Règles PER pour les parcelles récoltées avant le 31 août et destinées à une culture de printemps : les dates limites de mise en place et de destruction des cultures intermédiaires ont certes été supprimées, mais les exigences minimales de couverture du sol demeurent. Concrètement, l’exploitant a la responsabilité de déterminer lui-même les dates de mise en place et de destruction des cultures intermédiaires, sur la base de ses connaissances du terrain, des conditions météorologiques, du choix de la culture intercalaire et des risques d’érosion de ses parcelles. Il doit noter toutes les interventions (dates de récolte des précédents, dates de semis des cultures principales et intermédiaires, interventions phytosanitaires, dates de récolte/broyage, …) dans le carnet des champs. Pour rappel, les cultures intercalaires apportent de précieux avantages, tels que protection contre l’érosion, maintien de la structure et de la fertilité du sol, réduction du lessivage des nitrates ou limitation du développement des adventices.
Concernant la contribution « Couverture appropriée du sol » (programme volontaire), qui exige de semer
une couverture au plus tard 7 semaines après la récolte du précédent, dans le cas d’un semis d’une culture principale
de printemps, le système racinaire du couvert doit rester en place et le sol de doit pas être travaillé avant le 15 février
2024 (sauf pour un semis en bande fraisée ou en strip-till).